Böbrek yetmezliği yapabiliyor: Böbrekler üzerinde toksik etkiler oluşturarak organ yetmezliğini tetikleyebiliyor. Akut böbrek yetmezliğinin en az 5’te biri, kullanılan ilaçlar nedeniyle gelişiyor.

Antibiyotik ilişkili ishale yol açabiliyor: Normalde bağırsak içinde 400’den fazla çeşit bakteri türü bulunuyor ve bunlar hastalık oluşturmadıkları gibi, fayda sağlıyorlar. Antibiyotik kullanımı bu normal floradaki bakterilerin ölmesine ve böylelikle fırsatçı bakterilerin üremelerine ortam hazırlıyor ve böylelikle ishaller oluşabiliyor. Hatta dizanteriyi taklit eden kanlı ishal tablosu gelişebiliyor.